Podmioty uważa się za powiązane, jeśli mają wspólne interesy gospodarcze lub jeśli jeden podmiot ma dominujący wpływ na drugi. Podmioty powiązane to:
- małżonkowie, konkubenci, bezpośredni krewni lub krewni w linii bocznej;
- spółki należące do jednej grupy;
- osoba prawna i fizyczna posiadająca co najmniej 10% kapitału zakładowego, ogólnej liczby głosów lub praw do zysku osoby prawnej;
- jedna osoba wraz z innymi osobami, z którymi jest powiązana, jeżeli posiada więcej niż 50% kapitału zakładowego, ogólnej liczby głosów lub praw do zysku osoby prawnej;
- osoby prawne, w których ponad 50% kapitału zakładowego, ogólnej liczby głosów lub praw do zysku należy do jednej i tej samej osoby lub osób powiązanych;
- osoby posiadające więcej niż 25% kapitału zakładowego, ogólnej liczby głosów lub praw do zysku tej samej osoby prawnej;
- osoby prawne, w których wszyscy członkowie zarządów lub organów w zastępstwie zarządów są tymi samymi osobami;
- pracodawcy i ich pracownicy, małżonkowie, konkubenci lub bezpośredni krewni pracownika;
- sytuacja w której osoba jest członkiem organu zarządzającego lub kontrolnego osoby prawnej albo małżonkiem lub bezpośrednim powinowatym członkiem organu zarządzającego lub kontrolnego;
- nierezydent i jego zakład położony w Estonii oraz rezydent Estonii i jego zakład położony w innym państwie.
W estońskim systemie podatkowym transakcje uważa się za porównywalne, jeżeli różnice pomiędzy transakcjami lub stronami transakcji nie mają istotnego wpływu na charakterystykę analizowanej transakcji lub jeżeli znaczące wpływy można wyeliminować za pomocą korekt. Charakterystyka transakcji kontrolowanej dotyczy cech transakcji, stron transakcji i otoczenia. Do warunków transakcji określających porównywalność zalicza się również różnice wynikające z różnych warunków dostawy w związku z transportem i ubezpieczeniem czy rabaty w zależności od ilości towarów.
Podatnik, dokonujący transakcji kontrolowanej zobligowany jest do sporządzenia: Master file, Local file oraz Country-by-country report. Dodatkowo organ podatkowy może zażądać tłumaczenia dokumentów na język estoński, jeżeli dokumenty zostały przygotowane w języku obcym.
Regulacje w Estonii przewidują podstawowe metody weryfikacji cen transferowych: metodę rozsądnej marży (koszt plus), porównywalnej ceny niekontrolowanej, ceny odprzedaży, marży transakcyjnej netto, podziału zysku. Metoda zapewniająca najbardziej wiarygodny wynik jest wybierana na podstawie specyfiki kontrolowanej transakcji, wiarygodności dostępnych danych o porównywalnych transakcjach, uzasadnienia założeń i prognoz oraz poziomu podobieństwa porównywalnych transakcji. Jeżeli okoliczności związane z transakcją nie pozwalają na skorzystanie z wymienionych metod, istnieje możliwość wykorzystania innej metody do określenia wartości rynkowej. Jednak w takim przypadku należy podać uzasadnienie zastosowania odmiennej metody.
Przepisy estońskie uznają następujące mechanizmy: orzeczenia, regulacje prawne i Procedury wzajemnego porozumiewania się (MAP).