Przedmiotem opodatkowania estońskim CIT jest dochód ustalony jako:
- zysk netto wypracowany w okresie opodatkowania ryczałtem w części, w jakiej został przeznaczony do wypłaty z tytułu podzielonego zysku lub na pokrycie strat powstałych w okresie poprzedzającym okres opodatkowania ryczałtem,
- ukryty zysk,
- wysokość wydatków niezwiązanych z działalnością gospodarczą,
- dochód z tytułu zmiany wartości składników majątku w przypadku łączenia, podziału, przekształcenia podmiotów lub wniesienia w drodze wkładu niepieniężnego przedsiębiorstwa lub jego zorganizowanej części,
- dochód z tytułu zysku netto w przypadku podatnika, który zakończył opodatkowanie ryczałtem,
- dochód z tytułu nieujawnionych operacji gospodarczych,
- dopłaty wypłacone w przypadku połączenia lub podziału podmiotów,
- odsetki od udziału kapitałowego, wypłacane na rzecz wspólnika przez spółkę,
- zysk przeznaczony na uzupełnienie udziału kapitałowego wspólnika spółki,
- świadczenia pieniężne i niepieniężne wypłacone w przypadku zmniejszenia udziału kapitałowego wspólnika w spółce.