Co do ustalania wartości transakcji ma zastosowanie zasada neutralności podatku VAT. W konsekwencji, wartość transakcji kontrolowanej odpowiada wartości pomniejszonej o podatek od towarów i usług. W związku z powyższym, w formularzu TPR wartość transakcji kontrolowanych podaje się w kwotach netto w złotych, bez uwzględnienia podatku VAT.
