Bezdyskusyjnym jest stwierdzenie, że organ podatkowy może zażądać złożenia dokumentacji cen transferowych, a następnie ją kontrolować w toku postępowania podatkowego, kontroli podatkowej oraz kontroli celno – skarbowej. W praktyce organy podatkowe występują z żądaniem przedstawienia dokumentacji cen transferowych także w czasie czynności sprawdzających, mimo że w doktrynie prawa podatkowego nie ma jednoznacznego stanowiska, czy mają takie uprawnienie. Takie wątpliwości wynikają z faktu, że zakres czynności sprawdzających określony w art. 272 Ordynacji podatkowej jest stosunkowo wąski. Nawet gdyby uznać, że dokumentacja cen transferowych stanowi deklarację w rozumieniu Ordynacji podatkowej, to zakres kontroli dokumentacji cen transferowych w ramach czynności sprawdzających jest ograniczony jedynie do weryfikacji jej formalnej poprawności oraz ustalenia stanu faktycznego w zakresie niezbędnym do stwierdzenia zgodności z przedstawioną dokumentacją.
